Първо действие
Първа картина
Тамино, красив принц, изгубен в далечна земя, е преследван от змия и моли боговете да го спасят (ария: „Zu Hilfe! Zu Hilfe!“). Той припада и три дами, прислужници на Кралицата на нощта, се появяват и убиват змията. Те намират принца в безсъзнание за изключително привлекателен и всяка от тях се опитва да убеди другите две да я оставят насаме с него. След като се скарват, те неохотно решават да си тръгнат заедно. Тамино се събужда и с изненада открива, че е все още жив, а змията е мъртва. Папагено влиза облечен като птица. Той описва живота си като ловец на птици, оплаквайки се, че няма жена или приятелка (ария: „Der Vogelfänger bin ich ja“). Тамино се представя на Папагено, мислейки, че Папагено е убил змията. Папагено с радост си приписва заслугата – твърдейки, че я е удушил с голи ръце. Ето ги отново трите дами, които вместо да дадат на Папагено вино, торта и смокини, му дават вода и камък и затварят устата му с катинар като предупреждение да не лъже. Те показват на Тамино портрет на Памина, дъщерята на Кралицата на нощта, в която Тамино се влюбва моментално (ария: „Dies Bildnis ist bezaubernd schön“). Дамите обясняват на Тамино, че Памина е била заловена от Зарастро, когото описват като могъщ, зъл демон. Тамино се заклева да спаси Памина. Кралицата на нощта се появява и обещава на Тамино, че Памина ще бъде негова, ако я спаси от Зарастро („O zittre nicht, mein lieber Sohn“). Кралицата и дамите си тръгват, а Папагено може само да си тананика, заради катинара на устата си. Дамите се връщат и махат катинара с предупреждение да не лъже повече. Те дават на Тамино вълшебна флейта, която има силата да промени скръбта в радост, и магически камбани на Папагено за защита, като му казват да тръгне с Тамино. Дамите разказват за три момчета, които ще заведат Тамино и Папагено до храма на Зарастро. Тамино и Папагено поемат заедно в приключението.
Втора картина
Стая в двореца на Зарастро
Памина е завлечена от робите на Зарастро, след като се е опитала да избяга. Мавърът Моностатос и началник на робите, им нарежда да я оковат и да я оставят сама с него. Папагено, изпратен напред от Тамино да помогне в намирането на Памина влиза. Моностатос и Папагено са ужасени от странната поява на другия и двамата бягат, като всеки си мисли, че другият е дяволът. Папагено се връща и съобщава на Памина, че майка ѝ е изпратила Тамино да я спаси. Памина се радва да чуе, че Тамино е влюбен в нея. Тя предлага съчувствие и надежда на Папагено, който копнее за съпруга. Заедно те разсъждават върху радостите и свещената стойност на брачната любов (дует: „Bei Männern welche Liebe fühlen“).
Трета картина
Горичка пред храма
Трите момчета водят Тамино до храма на Зарастро, като обещават, че ако той бъде търпелив, мъдър и непоколебим, ще успее да спаси Памина. Тамино се приближава до десния вход (Храма на разума), но му е отказан достъп. Същото се случва, когато отива до входа отляво (Храмът на природата). Но от входа в средата (Храмът на мъдростта) се появява свещеник. Той казва на Тамино, че Зарастро е добронамерен, а не зъл, и че не трябва да се доверява на Кралицата на нощта. Чуват се гласове, които съобщават на Тамино, че Памина е жива. Щастлив Тамино свири на вълшебната си флейта. Появяват се животни и танцуват възхитени на неговата музика. Тамино чува тръбите на Папагено да звучат извън сцената и бърза да го намери (ария: “Wie stark ist nicht dein Zauberton”). Памина се появява отляво, Папагено отдясно. Папагено и Памина влизат, търсейки Тамино. Те са заловени отново от Моностатос и неговите роби. Папагено свири на вълшебните си камбани, карайки Моностатос и неговите роби да изтанцуват от сцената, хипнотизирани от красотата на музиката („Das klinget so herrlich“). Папагено и Памина чуват приближаващата се свита на Зарастро. Папагено е уплашен и пита Памина какво да кажат. Тя отговаря, че трябва да кажат истината. Влиза Зарастро с група последователи. Памина пада в краката на Зарастро и признава, че се е опитала да избяга, защото Моностатос се е държал грубо с нея. Зарастро я посреща любезно и я уверява, че желае само нейното щастие, но отказва да я върне на майка ѝ. Описва я като горда, своенравна жена и влияеща лошо на околните. Памина, казва той, трябва да бъде ръководена от мъж. Моностатос въвежда Тамино. Двамата влюбени се виждат за първи път и се прегръщат, предизвиквайки възмущение сред последователите на Зарастро. Моностатос казва на Зарастро, че е хванал Папагено и Памина, опитващи се да избягат, и иска награда. Зарастро иронично „награждава“ Моностатос с побой и го отпраща. Той обявява, че Тамино и Памина трябва да преминат изпитания, за да бъдат пречистени. Свещениците заявяват, че добродетелта и праведността ще осветят живота и ще направят смъртните като богове.
Второ действие
Първа картина
Горичка от палми.
Съветът на жреците на Изида и Озирис, начело със Зарастро, влиза под звуците на тържествен марш. Зарастро казва на свещениците, че Тамино е готов да се подложи на изпитанията, които ще доведат до просветление. Той призовава боговете, молейки ги да защитят Тамино и Памина (Ария „O Isis und Osiris“).
Втора картина
Дворът на Храма на изпитанието.
Тамино и Папагено са водени от двама свещеници за първото изпитание. Свещениците ги съветват за опасностите, които ги очакват, предупреждават ги за женските хитрости и ги заклеват да мълчат (Дует: „Bewahret euch von Weibertücken“).
Трите дами се появяват и напомнят на Тамино и Папагено какво е казала кралицата за Зарастро, опитвайки се да ги изкушат да говорят. Папагено не може да устои да отговори на дамите, но Тамино остава настрана, като гневно инструктира Папагено да не слуша заплахите на дамите и да мълчи. Виждайки, че Тамино не говори с тях, дамите се оттеглят объркани. Говорителят и един свещеник се връщат и отвеждат Тамино и Папагено.
Трета картина
В градината
Памина спи. Моностатос се промъква и я гледа. (Ария: “Alles fühlt der Liebe Freuden”) Той е на път да я целуне, когато се появява Кралицата на нощта. Моностатос се скрива. Събуждайки се, Памина споделя с майка си, че Тамино се присъединява към братството на Зарастро и че тя мисли да го придружи. Кралицата не е доволна. Тя обяснява, че нейният съпруг, предишният собственик на храма, на смъртния си одър е дал собствеността на Зарастро вместо на нея, правейки кралицата безсилна. Тя дава на Памина кама, като ѝ нарежда да убие Зарастро и заплашва да се отрече от нея, ако не го направи. (Ария: „Der Hölle Rache kocht in meinem Herzen“). Моностатос се завръща и се опитва да предизвика любовта на Памина, като заплашва да разкрие заговора ѝ с кралицата, но Зарастро влиза и го прогонва. Памина моли Зарастро да прости на майка ѝ и той я уверява, че отмъщението и жестокостта нямат място в неговото владение (Ария: „In diesen heil'gen Hallen“).
Четвърта картина
Зала в Храма на изпитанието
Тамино и Папагено са водени от свещеници, които им напомнят, че трябва да пазят мълчание. Папагено се оплаква от жажда. Влиза възрастна жена и предлага на Папагено чаша вода. Той пие и закачливо я пита дали си има гадже. Тя отговаря, че има и че името му е Папагено, след което изчезва. Трите момчета носят храна, вълшебната флейта и камбаните, изпратени от Зарастро (Трио: „Seid uns zum zweiten Mal willkommen“). Тамино започва да свири на флейтата, като призовава Памина. Тя се опитва да говори с него, но Тамино, обвързан от обета си за мълчание, не може да ѝ отговори и Памина започва да вярва, че той вече не я обича. (Ария: „Ach, ich fühl's, es ist verschwunden“). Тя си тръгва отчаяна.
Пета картина
Край пирамидите
Свещениците празнуват досегашните успехи на Тамино и се молят той да успее и да стане достоен за техния орден (хор „О Изида и Озирис“). Водят Памина и Зарастро инструктира Памина и Тамино да се сбогуват един с друг преди предстоящите по-големи изпитания. Те излизат, но идва Папагено. Свещениците удовлетворяват молбата му за чаша вино и той споделя с тях мечтата си да си намери съпруга (Ария: “Ein Mädchen oder Weibchen”). Възрастната жена се появява отново и го предупреждава, че ако не обещае веднага да се ожени за нея, ще бъде затворен завинаги. Когато Папагено обещава да я обича вярно (мърморейки, че ще прави това само докато не се появи нещо по-добро), тя се превръща в младата и красива Папагена. Папагено се втурва да я прегърне, но свещениците го отблъскват, като му казват, че той все още не е достоен за нея.
Шеста картина
В градината
Трите момчета поздравяват зората. Те наблюдават Памина, която обмисля самоубийство, защото вярва, че Тамино я е изоставил. Момчетата я възпират и я уверяват в любовта на Тамино. (Квартет: “Bald prangt, den Morgen zu verkünden”).
Седма картина
На планините на изпитанието
Двама мъже в брони водят Тамино. Те обещават просветление на онези, които успешно преодолеят страха от смъртта („Der, welcher wandert diese Strasse voll Beschwerden“). Тамино заявява, че е готов за изпитанието. Памина го вика от сцената. Мъжете в броня го уверяват, че обетът за мълчание е свършил и той е свободен да говори с нея. Памина влиза и заявява намерението си да се подложи на останалите изпитания с него. Тя му дава вълшебната флейта, за да им помогне по пътя („Tamino mein, o welch ein Glück!“). Защитени от мелодията на вълшебната флейта, те преминават невредими през огън и вода. Свещениците приветстват триумфа им и канят двойката да влезе в храма.
Осма картина
Градина с дърво
Папагено е отчаян, че е загубил Папагена и решава да се обеси (Ария: „Papagena! Papagena! Papagena! Weibchen, Täubchen, meine Schöne“). Той се колебае, броейки до три, но все по-бавно. Трите момчета се появяват и го спират. Те му напомнят, че може да свири на вълшебните си камбанки, за да призове Папагена. Тя се появява, двамата са щастливи и планират бъдещето си, когато ще имат много деца (Дует: „Pa... pa... pa...“).
Девета картина
Скалист пейзаж извън храма;
Моностатос се появява с Кралицата на нощта и нейните три дами. Те заговорничат да унищожат храма (“Nur stille, stille”) и кралицата потвърждава обещанието си да даде Памина на Моностатос, но внезапно, с гръм и светкавица, те са изхвърлени във вечната нощ.
Десета картина
Храмът на Слънцето
Зарастро възвестява триумфа на слънцето над нощта и измамната власт на лицемерите. Припевът приветства новопосветените Тамино и Памина и благодари на Изида и Озирис.
