Щефан Шолтес е чест гост-диригент във Виенската държавна опера и в големите оперни театри в цяла Европа, например в Римската опера, държавните оперни театри в Берлин, Дрезден и Мюнхен, оперните театри във Франкфурт, Кьолн и Женева, Болшой театър Москва, Народния театър във Варшава и Унгарската държавна опера в Будапеща. Той също така се е изявявал в Холандската опера в Амстердам, Операта на Билбао, Парижката опера, Кралската опера Ковънт Гардън в Лондон, Театро Белини в Катания, Театро Колон в Буенос Айрес, оперните театри във Вашингтон и Сан Франциско, Цюрихската опера, Новия национален театър в Токио и на фестивалите в Глиндборн, Тайпе, Монпелие, Екс-ан-Прованс, Пиза, Савонлина, Тонгьонг и Баден-Баден.
Щефан Шолтес е роден в Ниредхаза (Унгария) през 1949 г. и като дете се премества във Виена. Учи дирижиране при Ханс Сваровски във Виенската музикална академия, където изучава също композиция и пиано и като диригент ръководи множество световни премиери на съвременна музика. Неговата артистична кариера напредва като диригент в Театър Ан дер Вийн, последван от ангажименти като репетитор и диригент във Виенската държавна опера (1973-1983) и като гост-диригент в Операта в Грац (1979-1981). За фестивала в Залцбург той работи като музикален асистент на Карл Бьом, Кристоф фон Донани и Херберт фон Караян.
Маестро Шолтес е бил редовен диригент в Хамбургската държавна опера (1983-1985) и в Дойче Опер Берлин (1985-1997). Бил е генерален музикален директор на Държавния театър на Брунсуик (1988-1993) и главен диригент на Фламандската опера в Антверпен и Гент (1992-1997). От 1997 до 2013 г. е главен диригент на Есенските филхармоници и художествен ръководител на Есенската опера „Театър Аалто“.
Щефан Шолтес е водил радиоспектакли и концерти в Берлин, Дрезден, Генуа, Хановер, Хамбург, Милано, Мюнхен, Париж, Рим, Палермо, Торино, Нагоя, Будапеща, Виена и Москва. Дискографията му включва опери на Джакомо Пучини, Джузепе Гацанига и Александър фон Цемлински, както и различни симфонични произведения.
Неговият запис на музика от Албан Берг и Ханс Вернер Хенце печели номинация за Грами, както и номинация за ICMA. „Саломе“ на Щраус и „Мефистофел“ на Бойто от фестивала в Баден-Баден, както и „Пелей и Мелизанда“ на Дебюси от театър Аалто са издадени на DVD.
Щефан Шолтес има австрийско гражданство и живее в Берлин.